Pour pouvoir utiliser le plugin subclipse dans eclipse derrière un proxy, il faut configurer les paramètres du proxy dans un fichier "servers" qui se trouve :

• sous windows

C:\Documents and Settings\monUser\Application Data\Subversion

• sous linux

~/.subversion

Dans mon cas, j'ai juste rajouté dans [global]

http-proxy-host = lenomduproxy
http-proxy-port = leportduproxy
http-proxy-username = leuserduproxy
http-proxy-password = lepasswordduproxy

j'ai trouvé la solution dans le SVNKIT, ça marche à merveille.